Проделал немного экспериментов. Есть у меня 6680 файлов, из них около 2500 в названии имеют умляуты.
Использую pkzip из Тотал commandera. Предлагает кодировать unicode имена как UTF-8 Unicode (метод Pkzip 4.5/Winzip 11.2) или в дополнительном поле(метод Info-Zip). Первый метод я уже использовал, выбираю второй.
Создал архив, pkzip показывает 6680, Winrar 5.1 тоже самое. GD показывает 6536
Распаковал архив - все файлы есть.
Создал архив Winrar 5.1 . Тоже самое - все файлы на месте, GD показывает 6536.
Перед этим пробовал паковать те же 6800 файлов Winrar 4.0 а он мне запаковал/распаковал тоже 6536 файлов а остальные "съел" ничего не сообщая. Итог: работает при любой кодировке и наверняка это ошибка подсчета,но, на всякий случай оставил архив, запакованый в UTF-8 Unicode - пускай показывает больше.