Информация о системе: Windows XP SP2
Если в настройках программы включена опция Start to system tray, клик по иконке в трее приводит к появлению программы на панели задач, но окно программы находится под остальными окнами, и программа не переводит на себя фокус.
Необходимо один раз "активировать" (не подберу слова, give a focus, activate) окно программы и дальнейшие закрытия и разворачивания из трея происходят нормально.