У меня в списке словарей дублируется ряд словарей, т. е. один и тот же словарь перечислен в списке словарей несколько раз (2-4 раза).
Через файл конфигурации GD нахожу ссылки на индексные файлы подобных словарей (типа <dictionary name="Babylon English">6a331031b63fba9e5e50c045e0c1e399</dictionary>) и, если они ссылаются на несуществующий индексный файл, то удаляю такую ссылку вручную. (Некоторые двойные ссылки являются полными дубликатами, т. е. ссылаются на один и тот же индексный файл.)
Хотелось бы, чтобы GD сам обнаруживал подобное и удалял дубликаты.
P.S. Команда "пересканировать" не помогает.
Windows 7; GoldenDict 1.0.1-239-gc81e6ca (но касается и предыдущих версий тоже); 429 словарей (информация GD) / 418 индексных файлов в папке index.